Amnesia: The Bunker, seperti pendahulunya, ialah permainan video seram mandiri diri pertama. Permainan ini berlatarkan Perang Dunia I, dan pemain mengambil alih kawalan tentera Perancis Henri Clement. Henri terperangkap dalam kubu bawah tanah dan diburu oleh raksasa misteri yang mempunyai fotosensitiviti bernama "The Beast". Untuk kekal bertahan di bunker, Henri mesti mengekalkan kuasa elektrik di pangkalan berkenaan sambil mengumpul sumber dan peluru, yang diletakkan secara rawak dalam peta permainan. Henri juga boleh menggunakan revolver dan barang-barang lain yang boleh dibaling seperti bom tangan dan suar untuk melawan musuh, tetapi peluru sangat terhad.[1] Pangkalan ini bercahaya malap, dan Henri dilengkapi dengan jam tangan yang menunjukkan bila penjana akan kehabisan bahan api. Jika bahan api kehabisan, pangkalan akan menjadi gelap sepenuhnya dan raksasa itu akan secara aktif memburu Henri. Untuk menyelesaikan masalah, pemain perlu mengisi minyak penjana, dan menggunakan lampu suluh dinamo untuk mencari jalan di dalam bunker.[2]

Tidak seperti permainan Amnesia sebelumnya, permainan ini menampilkan "dunia separuh terbuka", yang memberikan pemain lebih kebebasan untuk meneroka dan mendekati objektif mereka.[3] Permainan ini tidak menampilkan banyak momen skrip, dan Beast adalah ancaman yang sentiasa ada yang menghantui Henri sepanjang permainan. Permainan ini menampilkan elemen yang diilhamkan oleh sim yang mengasyikkan, dan dunia permainan akan bertindak balas terhadap tindakan pemain. Sebagai contoh, pemain boleh menuang petrol ke atas lantai dan menyalakannya, mencipta sumber cahaya sementara untuk menakutkan raksasa itu. Pemain akan memasuki bilik selamat dengan kerap, di mana mereka boleh menggunakan peti untuk menyimpan item, menyimpan kemajuan permainan dan membaca peta permainan untuk lebih memahami reka letaknya.[4]